input:hiddenの方はinput[type='hidden']な要素の他にアコーディオンメニューで非表示状態となっているinput要素も取得される。その結果input[type="checkbox"]で取得するつもりのチェックボックス要素がinput:hiddenで取得されてしまい処理しづらくなることがあった
特に理由がなければinput[type='hidden']を使ったほうがいい

Selectors - jQuery 日本語リファレンスを読めば普通に解決する問題；A；